Ces dernières semaines, la crise du Covid-19, en raison de son caractère soudain et des changements drastiques de comportement qu’elle a engendré, a pris infiniment plus d’importance médiatique que les crises du climat et de la biodiversité. Bien que les articles de presse demeurent illustrés par des photos d’animaux sauvages, ce sont les pangolins en captivité et les chauves-souris qui ont subitement remplacé les tortues marines enchevêtrées de plastique en Méditerranée, les requins chassés et découpés ainsi que les barrières de corail blanchies dévastées. Il semblerait que la perception ait évolué « d’espèces à protéger » vers « espèces prêtes à nous contaminer » dans la mesure où la faune sauvage est désignée comme point de départ de pandémies hautement dévastatrices. Le monde de la conservation marine est durement touché par la crise du Coronavirus et les mesures de confinement qu’elle implique. Les gestionnaires d’aires marines protégées, les chargés de projet de conservation ainsi que tout l’écosystème philanthropique, administratif, public et privé gravitant autour de ces enjeux est paralysé, dans l’incertitude des mois à venir. Doit-on seulement reporter les activités ? Les financements de projet seront ils assurés ? La conservation et la protection de l’environnement vont-elles se cantonner à des enjeux de second plan face au redémarrage économique ? De nombreux experts tels que Valery Masson-Delmotte, François Gemenne ou Bruno Latour anticipent un retour vers l’ancien régime économique basé sur l’exploitation des énergies fossiles avec un fort effet rebond. Dans cette lignée, l’administration américaine a déjà commencé à distribuer des permis de polluer aux entreprises si celles-ci démontrent que leurs défaillances ont été causées par le coronavirus[1]. Les efforts de protection de l’environnement et l’ampleur croissante qu’ils prenaient vont-ils être délaissés dans la plus grande indifférence au nom de la crise sanitaire et économique causée par le Coronavirus ?
Sachant que 70 % des maladies infectieuses humaines sont d’origine zoonotiques, c’est-à-dire transmises à partir d’animaux sauvages porteurs, perturber les écosystèmes par la destruction des habitats, la pollution marine et les modifications génétiques pour l’élevage revient à affecter des réservoirs vecteurs de pathogènes infectieux. C’est pourquoi, il est nécessaire de questionner le lien entre biodiversité et pandémie, entre destruction des habitats naturels et développement d’agents pathogènes. Si l’on effectue une rapide revue de presse de ces dernières semaines, on observe que ce sont surtout les animaux sauvages terrestres qui sont désignés comme vecteurs de virus mais qu’en est-il des animaux marins qui représentent 70 % de la biomasse des animaux de la planète ?[2] À ce jour, la biodiversité marine demeure encore largement inexplorée et peu de connaissances ont été acquises sur les virus, les bactéries, les protozoaires et les champignons marins en comparaison avec la biodiversité terrestre[3]. Dans quelle mesure la destruction des écosystèmes par les activités humaines est-elle intimement liée à l’émergence de nouveaux virus tels que le Covid-19 ? Les écosystèmes marins peuvent-ils aussi être considérés comme une pépinière de virus ?
Il y a un an de cela, en mai 2019, paraissait une étude dans la célèbre revue scientifique Cell réalisée par une vingtaine de programmes de recherche internationaux tels que Tara Oceans en France portant sur l’ADN de la biodiversité marine dans les pôles[4]. Cette étude nous révèle que les virus pullulent dans les océans mondiaux, dévoilant une diversité de près de 200 000 genres de virus, ce qui est à peu-près 10 à 100 fois plus que ce que l’on connaissait. En outre, les chercheurs affirment aussi que plus de 40 % de cette diversité virale se trouve dans l’océan Arctique, fait étonnant en raison du dogme du « gradient latitudinal de biodiversité », c’est-à-dire que la diversité est en général beaucoup plus élevée au niveau des subtropiques ou de l’équateur et qu’elle s’appauvrit en allant vers les pôles. Au regard de la crise sanitaire actuelle, devrions-nous considérer cette pépinière océanique de virus comme une bombe à retardement ?
Un écosystème sain « porteur sain »
Les maladies infectieuses provenant d’animaux sauvages telles que la grippe aviaire issue des oiseaux migrateurs, la tuberculose issue des vaches, la coqueluche issue des cochons, le VIH des macaques, Ebola des chauves-souris ne sont pas un phénomène récent. Ils datent au moins de la révolution néolithique, à partir du moment où les sociétés humaines ont commencé à exploiter les habitats sauvages pour étendre les terres cultivées et à domestiquer les animaux pour l’élevage[5]. En réalité, la plus grande partie de leurs micro-organismes vivent naturellement en eux et en parfaite adéquation. Les écosystèmes fonctionnent comme l’organisme humain : quand ils sont robustes et sains, c’est-à-dire quand ils sont composés de diverses espèces qui forment un équilibre, ils sont plus résistants aux maladies. La nécessité d’écosystèmes littoraux et océaniques en pleine forme est d’autant plus nécessaire pour éviter cet écueil[6].
La destruction des habitats naturels à l’origine du développement de maladies infectieuses
Toutefois les équilibres des écosystèmes sont perturbés (voire rompus) par des atteintes et des destructions (déforestation, urbanisation, pollution, marées noires, destruction des fonds marins par le chalutage benthique etc.). Les changements climatiques, avec les effets sur la pluviométrie et les températures qu’il induisent, engendrent des déplacements d’espèces notamment vers les pôles[7] ou des déplacements d’espèces méridionales en Méditerranée vers l’Ouest et le Nord[8]. Ces déplacements augmentent considérablement les probabilités de rencontre avec d’autres espèces (dont l’espèce humaine) ce qui influe sur l’émergence de nouvelles maladies. En effet, si l’espèce qui se déplace est porteuse de pathogène et qu’elle entre en contact avec l’humain ou d’autres espèces porteuses (moustiques, chauves-souris), celles-ci deviendront des vecteurs de transmission efficaces à la propagation de maladies infectieuses ou virales. Ce phénomène s’appelle le passage de « barrière d’espèces ». Cette barrière existe-t-elle aussi dans les océans, dans lesquels les écosystèmes sont plus diffus en raison de l’eau en mouvement transportant des milliers de virus, bactéries et micro-organismes ?
Prenons pour exemple la déforestation en comparaison avec la destruction des herbiers de posidonie, habitat emblématique de Méditerranée. Avec la disparition des arbres, c’est aussi la couche de feuilles mortes et les racines qui sont impactées. L’eau et les sédiments ruissellent plus facilement sur le sol dépouillé qui est désormais baigné de soleil, formant des flaques favorables à la reproduction des moustiques porteurs d’agents pathogènes. Selon une étude menée dans douze pays, les espèces de moustiques vecteurs d’agents pathogènes humains sont deux fois plus nombreuses dans les zones déboisées que dans les forêts restées intactes[9]. De la même manière, si l’on applique le processus au milieu marin, la dégradation des prairies de posidonie (habitat et bioindicateur de l’état des écosystèmes) engendre indirectement la désertification des fonds marins pouvant avoir des conséquences sur la qualité de l’eau. Au niveau terrestre, la perte d’habitat mène à la disparition d’espèces dont certaines auraient pu être des mauvais vecteurs et réduire la transmission. Si ces espèces étaient encore en vie, elles auraient pu réduire la transmission – c’est ce que l’on appelle « l’effet de dilution »[10]. De fait, la destruction de la biodiversité favorise la diffusion d’un agent pathogène et affecte les potentielles barrières naturelles de diffusion. Aujourd’hui, il n’existe aucune région marine qui ne soit pas affectée par les activités humaines[11]. Néanmoins, de nombreux indices sur les impacts de modifications profondes de l’utilisation des terres et des zones marines portent à croire que la fréquence des émergences de nouveaux agents infectieux pourrait augmenter dans les décennies à venir[12].
Le commerce d’animaux sauvages et l’élevage intensif : bio-incubateurs de virus
Les risques d’émergence de maladies ne sont pas accentués seulement par la perte des habitats, mais aussi par la façon dont on les remplace. L’attrait culturel pour la viande et les espèces rares ont développé le commerce illégal d’espèces sauvages alors vendues sur des marchés d’animaux vivants (wet markets) et également l’élevage industriel intensif.
Dans le cas des marchés aux espèces sauvages, des espèces qui ne se seraient jamais croisées dans la nature se retrouvent côte à côte. Elles sont enfermées vivantes dans des cages, stressées et immunodéprimées, les microbes peuvent alors passer allègrement de l’une à l’autre. Ajouté à cela une forte fréquentation d’une population humaine de tous âges plus ou moins en bonne santé en provenance de différentes localités, et l’on obtient un bio-incubateur de virus épidémiques. Ces agents infectieux combinés sont alors capables de franchir la barrière des espèces et de contaminer l’Homme. Concernant le virus Covid-19, il semblerait qu’il se soit développé à partir du commerce illégal de pangolins, fourmilier d’Afrique et d’Asie du Sud-Est inscrit à l’annexe I de la Convention CITES[13] qui interdit le commerce international des espèces menacées d’extinction[14]. De la même manière, le trafic illégal de tortues marines, raies et requins, entreposés dans des aquariums en contact avec des espèces issues d’autres régions océaniques ou des espèces domestiques agit aussi comme bio-incubateur redoutable de virus.
Dans le cas des élevages industriels intensifs, on concentre par centaines des bêtes ou des poissons qui ont peu de diversité génétique, conditions idéales pour que les microbes mutent en agents pathogènes mortels[15]. Par exemple, le virus H5N1 (grippe aviaire) issu des élevages de volaille en contact avec certains oiseaux sauvages, est transmissible à l’homme et tue plus de la moitié des individus infectés[16]. En parallèle, les élevages industriels de saumon en aquaculture dans la région de Chiloé au Chili en contact avec des espèces sauvages ont développé le virus AIS (anémie infectieuse du saumon) apparue en juillet 2007 et ayant causé des ravages gigantesques dans la « Salmon Valley » du Chili[17]. Ce virus, qui n’a pas encore été transmis à l’homme mais a déclenché plusieurs épisodes épidémiques depuis, nécessite une surveillance élevée.
Ces exemples de dégradation de l’environnement causant l’émergence d’un virus et sa mutation, confronté au cas des dégradations environnementales au niveau marin nous permettent d’affirmer une première conclusion : les virus se développent aussi bien dans les milieux terrestres que dans les milieux marins, et la dégradation des écosystèmes, perturbant les équilibres, vient renforcer cette tendance. Cependant, leur transmission à l’Homme a été démontrée et expérimentée dans plusieurs cas terrestres mais pas encore au niveau marin. Ici, les vecteurs de diffusion du virus sont différents et peuvent impacter indirectement les humains par exemple via la diffusion d’un virus dans la chaîne alimentaire. Le cas du virus AIS sur les saumons peut impacter toute la chaîne alimentaire provoquant une hécatombe au regard de la mortalité des stocks de poissons ce qui peut fortement fragiliser la sécurité alimentaire. Le cas de l’épidémie de norovirus touchant les huîtres de la côte atlantique en décembre 2019 et provoquant des syndromes de gastro-entérite chez les humains les consommant[18] est l’un des exemples d’impact indirect de virus en mer sur l’Homme.
L’hyper-connectivité : amplificateur et diffuseur d’épidémie
L’hyperconnectivité[19] de nos sociétés favorise l’émergence de nouveaux virus et accélère leur propagation pour créer des épidémies et de véritables pandémies telles que celle que nous connaissons aujourd’hui. La transmission mondiale de virus n’est pas un phénomène nouveau, elle a été observée de nombreuses fois dans l’histoire des Grandes Découvertes et de la colonisation, récemment dans le cas d’interventions militaires et, plus surprenant, dans le cadre de l’aide humanitaire. Au Congo, la construction des voies ferrées et des villes limitrophes par les colons belges ont permis à un lentivirus hébergé par les macaques de la région de s’étendre aux êtres humains pour ensuite devenir le célèbre VIH[9]. Plus récemment, l’intervention des Casques bleu du Népal consécutive au tremblement de terre de 2010 à Haïti, a déclenché une épidémie de choléra plus mortelle que le tremblement de terre en lui-même.
Aujourd’hui, différentes formes de mise en connexion présentent un risque de propagation d’agents pathogènes. Premièrement, le développement de nouvelles routes commerciales marines telle que la route du Nord, mettant en relation des espaces jusqu’alors peu fréquentés avec les grands hubs commerciaux mondiaux. De plus, le passage des navires portes-containers favorise les échanges microbiologiques entre différentes zones océaniques avec le déchargement d’eaux de ballasts[20], cela risque aussi de connecter de nouvelles espèces sauvages et de développer de nouveaux virus. Deuxièmement, la fragilisation des écosystèmes couplé au caractère hyperconnecté de nos sociétés favorise l’établissement et le pullulement d’espèces invasives telles que le crabe bleu dans le Sud de la Méditerranée ou l’algue Caulerpa taxifolia. Ces espèces invasives peuvent alors être porteuses de virus pouvant être pathogènes pour les espèces vivant dans un habitat. Troisièmement, le plastique qu’il soit micro ou macro agit aussi comme un vecteur de virus dans les océans. Les chercheurs de l’Expédition Med ont démontré qu’autour des fragments de plastique récupérés en Méditerranée, se sont développés un film de micro-organismes constitués de virus, bactéries potentiellement dangereuses. En effet, ces plastiques se déplaçant avec les courants se retrouvent concentrés au niveau des gyres océaniques constituant ainsi une soupe bactérienne qui ensuite se propage à travers les océans. Les chercheurs de l’expédition Med ont ainsi recensé la présence du groupe bactériel Vibrio pouvant entraîner des maladies gastro-intestinales chez le poisson mais aussi le choléra chez l’Homme[21].
Remarquablement illustrée par la période de confinement drastique que nous expérimentons aujourd’hui, l’hyperconnectivité de nos sociétés contribue ainsi grandement au développement de pandémies.
Comprendre pour agir : renforcer les activités de conservation marine
Etant donné que nous ne sommes pas des victimes passives du processus de développement puis de diffusion des épidémies, nous pouvons agir pour diminuer les risques que ces microbes engendrent :
- Premièrement, il est nécessaire d’accentuer la protection des habitats marins pour faire en sorte que les espèces sauvages ne transmettent pas leurs agents pathogènes. Cela passe entre autres par la création d’espaces protégés et notamment par leur protection effective et durable.
- Deuxièmement, bien que conscients des freins culturels conséquents, il nous semble urgent d’arrêter de créer des circuits alimentaires farfelus, qu’il s’agisse du commerce mondial d’espèces exotiques et sauvages dans des conditions sanitaires incontrôlées ou de nourrir les animaux d’élevage avec des produits inappropriés, comme l’a montré la maladie de la vache folle avec la consommation de farines animales.
- Enfin, il est crucial de repenser notre relation à la nature, de développer des modes de vie plus durables et de limiter nos impacts négatifs sur l’environnement pour préserver la diversité biologique.
Comme l’a déclaré l’épidémiologiste Larry Brilliant, « les émergences de virus sont inévitables, pas les épidémies »[9]. Toutefois, nous ne serons épargnés par ces dernières qu’à condition de mettre autant de détermination à protéger les écosystèmes marins que nous en avons mis à les perturber au travers du transport, de l’extraction des ressources, du tourisme de masse et de la pollution plastique. C’est dans cette optique que BlueSeeds défend une approche systémique de la conservation marine par la gestion intégrée des enjeux influant directement ou indirectement sur le bon état écologique des écosystèmes. Nous accordons une grande importance à la réalisation d’un diagnostic intégré d’une zone côtière afin de comprendre les tenants et les aboutissants de ce système complexe. La dimension sanitaire est également prise en compte d’où notre intérêt pour le sujet travaillant sur la conservation marine. Enfin, nous réalisons une théorie du changement étendue pour mettre en lumière les interactions entre les différents éléments identifiés. La conservation se trouve au croisement de deux ensembles complexes : celui des écosystèmes et celui des comportements humains avec leur dimension sociale, économique et culturelle. C’est pourquoi, l’équipe de BlueSeeds travaille au quotidien au développement et à l’expérimentation de méthodes de conservation marine efficaces et durables.
Auteur : Auriane Petit
Co-auteur : Christelle Noirot
Références
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[5] BILLARD S., « Le Covid-19 était inévitable, et même prévisible » du fait de notre impact écologique », L’Obs, publié le 17.03.2020, consulté le 30.03.2020.
[6] GREGORY A. C., et al., Op. Cit.
[7] HANNAH Lee dans PRICE P., « Expert: To prevent pandemics like COVID-19, ‘take care of nature’”, Conservation international, 27.03.2020, consulté le 20.03.2020.
[8] PEREZ T., CHEVALDONNE P., « Biodiversité marine en Méditerranée », dans EUZEN A., EYMARD L., GAIL F., Deuxième partie – L’environnement, un système global dynamique, Le Développement durable à découvert, 2013.
[9] SHAH S., « Contre les pandémies, l’écologie », D’où vient le coronavirus ?, Le Monde diplomatique, publié en Mars 2020, consulté le 27.03.2020.
[10] Démonstration du professeur Rodolphe GOZLAN, directeur de recherche en écologie de la conservation au sein de l’Institut de Recherche pour le Développement (IRD) dans BILLARD S., Op. Cit.
[11] HALPERN B.S. et al.., « A Global Map of Human Impact on Marine Ecosystems », Science, vol. 319, n° 5865, 2008.
[12] GOZLAN R., “Comment les changements environnementaux font émerger de nouvelles maladies », The Conversation, publié le 12.02.2020, mis à jour le 02.03.2020, consulté le 30.03.2020.
[13] La Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvages menacées d’extinction, connue par son sigle CITES.
[14] GARRIC A., “Les pangolins, mammifères les plus braconnés au monde, désormais protégés », Le Monde, publié le 29.09.2016, consulté le 30.03.2020.
[15] SCHAUB C., « La crise du coronavirus est une crise écologique », Libération, publié le 25.03.2020, consulté le 30.03.2020.
[16] SHAH S., « What you get when you mix chickens, China and climate change », The New York Times, 05.02.2016.
[17] LEGRAND C., « Au Chili, deuxième producteur mondial de saumon, l’”or rose” se tarit », Le Monde, publié le 25.08.2009, consulté le 30 .03.2020.
[18] GLASS R. I., « Norovirus Gastroenteritis », The New England Journal of Medicine, vol. 361, published the 29.10.2009, consulté le 02.04.2020.
[19] BILLARD S., Op. Cit.
[20] Un ballast est un réservoir d’eau de grande contenance équipant certains navires. Il est destiné à être rempli ou vidangé d’eau de mer afin d’optimiser la navigation. L’opération de vidange, ou déballastage, effectuée dans de mauvaises conditions peut poser des problèmes écologiques.
[21] PEDROTT ML, PETIT S, ELINEAU A, BRUZAUD S, CREBASSA J-C, DUMONTET B, et al. Changes in the Floating Plastic Pollution of the Mediterranean Sea in Relation to the Distance to Land. PLoS ONE, 11(8), 2016.
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